Od 1 stycznia 1999 r. Ustawą z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych. zobowiązano Fundusz Kościelny do finansowania 80% składek na ubezpieczenie społeczne, rentowe i wypadkowe osób duchowych (art. 16 ust. 10) oraz 100% składek za członków zakonów kontemplacyjnych klauzurowych, misjonarzy w okresach pracy na terenach misyjnych (art. 16 ust. 10), pozostawiając duchownym możliwość samodzielnego opłacania dobrowolnego ubezpieczenie chorobowego (art. 16. ust. 11). Jednocześnie Ustawą z dnia 18 lipca 1998 r. o zmianie ustawy o powszechnym ubezpieczeniu zdrowotnym. ustawodawca zobowiązał Fundusz Kościelny do finansowania składki na ubezpieczenie zdrowotne duchownych, z wyłączeniem osób duchownych będących podatnikami podatku dochodowego od osób fizycznych lub zryczałtowanego podatku od przychodów osób duchownych (art. 1 pkt. 23 lit. c). Zapisy te utrzymano w obowiązującej obecnie Ustawie z dnia 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych. (art. 86 ust.