W 1956 roku większość kwot (3.349.997 zł) wydatkowanych na działalność statutową Fundusz przeznaczył na pomoc materialną poszczególnym tzw. księżom patriotom. Pozostałe pozycje wydatków to: konserwacja i odbudowa obiektów sakralnych i innych obiektów kościelnych Kościoła rzymskokatolickiego (1.012.051,46 zł) i wyznań niekatolickich (459.000 zł) oraz dotacje związków wyznaniowych (631.291,49 zł).
Finansowanie ubezpieczeń społecznych i zdrowotnych duchownych przez Fundusz Kościelny 1 lipca 1989 r. na mocy Ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o ubezpieczeniu społecznym duchownych. osoby duchowne zostały objęte powszechnym obowiązkowym systemem ubezpieczeń społecznych. Składkę na ubezpieczenie społeczne w wysokości określonej przez ustawę (art. 28 i 29) duchowni opłacali samodzielnie (art. 31 ust. 1), zaś za członków domów zakonnych i klasztorów – przełożeni zgromadzeń (art. 31 ust. 2). Na Fundusz Kościelny nałożono obowiązek finansowania składek członków zakonów kontemplacyjnych (art. 31 ust. 5) oraz koszty ubezpieczenia osób, które bez konieczności opłacania składek nabyły w momencie wejścia w życie ustawy uprawnienia emerytalne lub rentowe (art. 37). Rada Ministrów uchwałą z dnia 7 listopada 1991 r. () wprowadziła status Funduszu Kościelnego uzupełniony o odpowiednie zapisy realizujące postanowienia ustawy.