Rozwód Małżeństwo z Przemysłem Ottokarem II okazało się bezdzietne. Król rozpoczął starania o uznanie za swojego następcę swojego nieślubnego syna Mikołaja I Opawskiego. W 1260 r. papież go legitymował, ale bez prawa do następstwa tronu. W tej sytuacji Przemysł zaczął myśleć o unieważnieniu małżeństwa. Jesienią 1261 r. polecił biskupom ogłosić małżeństwo za nieważne i zawiadomił o tym kurię rzymską. Formalną przyczyną był ślub czystości uczyniony przez żonę, gdy po śmierci pierwszego męża wstąpiła do klasztoru. Małgorzata nie sprzeciwiała się rozwodowi. Wysłała nawet w tej sprawie posła do papieża Urbana IV. 18 października 1261 r. opuściła Pragę. Już 25 października tego roku władca Czech poślubił Kunegundę Halicką. Po rozwodzie Małgorzata zamieszkała w Krems an der Donau w Dolnej Austrii i na pobliskim zamku Krummau am Kamp, gdzie zmarła. Zgodnie ze swoją wolą została pochowana u boku ojca w opactwie Lilienfeld.