w trewirskim klasztorze złożyła śluby czystości.
Dziedziczka Babenbergów Małgorzata powróciła na scenę polityczną po śmierci swojego brata Fryderyka II Bitnego w 1246 r., który był ostatnim męskim przedstawicielem Babenbergów. Na podstawie Privilegium minus z 1156 r. jako najstarsza z rodu zgłosiła pretensje do księstw Austrii i Styrii. Z identycznymi roszczeniami wystąpiła jej krewna Gertruda Babenberg, córka Henryka, brata Małgorzaty. Gertruda była kolejno żoną margrabiego morawskiego Władysława, Hermana Badeńskiego i od 1250 r. Romana Halickiego. Żaden z jej mężów nie przejął jednak ziem austriackich.
W walce o spadek po Babenbergach uczestniczyli praktycznie wszyscy okoliczni władcy. Małgorzata starała się chronić prawa swojego syna Fryderyka (zm. 1251 r.). W tym okresie nie wyraziła zgody na małżeństwo z Hermanem von Henneberg, mimo że zabiegał o nie papież. W 1251 r. księciem Austrii został Przemysł Ottokar II, który w celu umocnienia swojej władzy 11 lutego 1252 r. w Hainburgu poślubił Małgorzatę. W następnym roku Małgorzata została królową Czech, ale nigdy nie została oficjalnie koronowana.