W systemie Cronquista (1981) makowce były obok jaskrowców przypisane do podklasy magnoliowych (Magnoliidae). W systemie Takhtajana (1997) i Reveala (1994–1999) makowate podnoszone także do rangi rzędu makowców wchodziły w skład nadrzędu Ranunculanae. W systemach APG począwszy od pierwszego z 1998, poprzez APG II z 2003, APG III z 2009 i system APG IV z 2016, makowate wchodzą już tylko w randze rodziny w skład kladu jaskrowców (Ranunculales).
W obrębie makowatych wyróżnia się od 2 do 4 głównych linii rozwojowych, które w przypadku traktowania makowatych w randze rzędu podnoszone są do rangi rodzin, a w przypadku uznawania makowatych za rodzinę – opisywane są jako podrodziny lub plemiona. Wyraźnie wyodrębniają się dwie linie rozwojowe – makowych (Papaveroideae) i dymnicowych (Fumarioideae). Przez długi czas problematyczną pozycję systematyczną zajmowały dwa rodzaje – Hypecoum i Pteridophyllum, zaliczane czasem do pierwszej grupy, czasem do drugiej, lub wyodrębniane jako osobne taksony w randze rodzin lub podrodzin (np. systemy Takhtajana i Reveala). Nowsze analizy danych molekularnych i morfologicznych wskazują na siostrzany charakter obu tych taksonów i ich bazalną pozycję w obrębie makowatych. Generalnie relacje filogenetyczne między podrodzinami, a w ich obrębie między rodzajami, pozostają niejasne.