Po próbach, w 1949 opracowano i oblatano ulepszony wariant Junak 2, o lepszym wyposażeniu dla potrzeb wojska, i dobrych własnościach pilotażowych, który następnie skierowano do produkcji w 1951. Najbardziej widocznymi zmianami w stosunku do Junaka 1 była kabina przesunięta nieco do przodu, powiększone usterzenie i mocniejszy silnik M-11FR (160 KM). Tymczasem zespół LWD został rozwiązany w 1949 i dopracowanie Junaka 2 zostało przejęte przez warsztaty Centralnego Studium Samolotów (CSS) w Warszawie. Od 1951 do 1954 zbudowano 105 Junaków 2 w zakładach WSK-4 Okęcie, powstałych z CSS (pierwsze 3 samoloty wykonano w WSK-Mielec).
Jedynym poważnym problemem podczas oblotu okazał się flatter lotek – Antoni Szymański wylądował w polu kapotując, i doznając poważnej kontuzji. Po wprowadzeniu mas wyważających flatter nie pojawiał się.