Gdy podstawowym sprzętem polskiego lotnictwa stały się myśliwce odrzutowe z trójkołowym podwoziem: Jak-23 i MiG-15 (Lim-1), pojawiła się potrzeba posiadania nowocześniejszego samolotu szkolnego. Tadeusz Sołtyk, pracujący wówczas w Instytucie Lotnictwa, zaproponował rozwinięcie Junaka z chowanym klasycznym podwoziem i giętą osłoną kabiny o lepszej widoczności oraz ulepszeniami technologicznymi. Projekt ten miał być oznaczony TS-7 Chwat, ale nie uzyskał akceptacji władz lotniczych. Zamiast tego, Sołtyk zaprojektował 1952 na zamówienie wojska w biurze płatowcowym przy Instytucie Lotnictwa mniej zaawansowaną modyfikację Junaka 2, ze stałym podwoziem trójkołowym i drobniejszymi ulepszeniami. Samolot ten został skierowany do produkcji pod oznaczeniem: TS-9 Junak 3 ("TS" od inicjałów konstruktora). Prototyp oblatany został 7 sierpnia 1953, przez inż. Andrzeja Abłamowicza i kpt. Wiktora Pełkę. Samolot przeszedł pomyślnie w Instytucie Lotnictwa próby statyczne w Zakładzie Wytrzymałości pod nadzorem szefa Zakładu inż. Tadeusza Chylińskiego, próby w locie oraz próby państwowe i został zkwalifikowany do produkcji seryjnej, uruchomionej w 1954 w WSK Okęcie, zastępując na linii montażowej Junaki 2. Nowa wersja była cięższa, co skutkowało zmniejszeniem prędkości maksymalnej z 223 km/h do 205 km/h. Od 1953 do 1956 wyprodukowano 146 Junaków 3.