Na początku lat 60. udostępniono połączenie kościoła z krużgankami klasztoru, obecnie szkoły. Odtąd, aż do lat 90., kościół służył Katharineum do cotygodniowych mszy porannych. Obecnie szkoła organizuje tu wiele uroczystości oraz koncertów muzycznych. W 1980 r. kościół został przekształcony w muzeum historii kultury i sztuki hanzeatyckiego miasta Lubeki. Od 01.01.2006 muzeum zarządza Fundacja Kultury Hanzeatyckiego Miasta Lubeka (niem. Kulturstiftung Hansestadt Lübeck).
Wystrój wnętrz thumb|Fresk ”Franciszek z Asyżu" thumb|Lewe skrzydło ołtarza św. Łukasza, Hermen Rode Z gotyckiego wystroju zachowały się freski, krzyż tryumfalny (ok. 1450) oraz stalle na podwyższeniu prezbiterium, zdobione wizerunkami franciszkańskich świętych. Wejście na chór zdobi fresk przedstawiający św. Franciszka otrzymującego stygmaty (ok. 1500).
W nawie środkowej znajduje się pochodząca z 1699 ambona. Kazalnica ta służyła wcześniej w kościele św. Wawrzyńca, który zawalił się w 1899. Wtedy też oryginalna ambona z kościoła św. Katarzyny została przeniesiona do kościoła św. Piotra, gdzie spłonęła w czasie bombardowań w 1942.