Oryginalny ołtarz z kościoła św. Katarzyny- ołtarz św. Łukasza (niem. Lukasaltar) autorstwa Hermena Rode znajduje się w zbiorach Muzeum Historii Sztuki i Kultury w klasztorze św. Anny. W muzeum tym zobaczyć można również inne dzieła sztuki z kościoła św. Katarzyny: ołtarz pasyjny z kaplicy stowarzyszenia Zirkelgesellschaft oraz potrety rodziny Crispin.
Epitafia i nagrobki Kościół św. Katarzyny często wybierano jako miejsce pochówku. W 1277 toczył się nawet spór o prawo pochówku w kościele pomiędzy miastem a biskupem Burkhardem von Serkem, który wystarał się u papieża o interdykt i rozpoczął proces przed kurią rzymską. Proces zakończył się w 1281 ugodą, która gwarantowała franciszkanom prawo do chowania zmarłych na terenie kościoła.
Podłoga w kościele usłana jest płytami nagrobnymi, pochodzącymi z okresu od średniowiecza do XVIII w. W prezbiterium dolnym znajduje się najcenniejszy nagrobek: flamandzka mosiężna płyta nagrobna burmistrza Johanna Lüneburga (zm. 1461).
Najcenniejsze epitafium znajduje się nieco z boku, na zachodnim krańcu południowej nawy bocznej. Jest to majstersztyk sztuki włoskiej autorstwa Jacopo Tintoretto "Powstanie z martwych Łazarza" (1576) oprawiony w bogate manierystyczne ramy.