Działalność konspiracyjna Już pod koniec 1939 organizował komórki Służby Zwycięstwu Polski w Tarnowie. Na początku 1940 został inspektorem rejonowym Związku Walki Zbrojnej w Tarnowie, a następnie zastępcą komendanta Obszaru Południowego Związku Walki Zbrojnej w Krakowie. Wiosną 1941 przeniesiony został do Lublina i mianowany szefem sztabu Lubelskiego Okręgu Armii Krajowej. W 1942 spotkał się z Michałem Rolą-Żymierskim, który przedstawił mu swoją prośbę o przyjęcie do Armii Krajowej w stopniu sprzed degradacji. Wkrótce po spotkaniu, które odbyło się w mieszkaniu rodzinnym, zostali aresztowani przez Gestapo przebywający w nim córka Wanda i syn Leszek. Od 1 stycznia 1943 do 4 sierpnia 1944 był komendantem Lubelskiego Okręgu AK. W 1944 organizował akcję „Burza” na terenie Lubelszczyzny. Za działalność konspiracyjną we wrześniu 1944 Naczelny Wódz gen. Kazimierz Sosnkowski odznaczył go Krzyżem Złotym Orderu Wojennego Virtuti Militari.
Po wkroczeniu Armii Czerwonej na Lubelszczyznę spotkał się z gen. Zygmuntem Berlingiem, lecz nie wyraził zgody na wcielenie podległych mu oddziałów do 1 Armii Wojska Polskiego.