Scenariusz napisał Sandham na podstawie historii, którą zarysował wraz z Richardem Mortonem. Chronicles są bezpośrednią kontynuacją The Last Revelation, opierającą się na założeniu, że Lara zginęła. Z tego względu fabuła nie przedstawia liniowej historii, jak w poprzednich częściach, a przybiera formę antologii, na którą składają się cztery niezależne od siebie opowieści połączone klamrą. Sandham napisał scenariusz już po tym, jak zakończono zarysowywanie struktury poziomów. Jedna ze scen w Rzymie sugeruje wyraźnie śmierć Pierre’a DuPonta, który zginął także w rozgrywającym jakiś czas później Tomb Raider, co Sandham przypisał „nieodrobieniu pracy domowej”. Decyzja o opowiedzeniu historii poprzez retrospekcje pozwoliła Core Design na zaprojektowanie zróżnicowanych poziomów bez konieczności usprawiedliwiania ich logicznym ciągiem przyczynowo-skutkowym. Całość zaprojektowano także jako zamknięcie – tak technologiczne, jak i fabularne – pierwszej epoki Tomb Raider i przygotowanie serii na premierę The Angel of Darkness. Sandham zdecydował się na osadzenie części fabuły w Irlandii, ponieważ jest miłośnikiem irlandzkiego folkloru, zainspirowała go także okładka Czarnej Wyspy – siódmego tomu Przygód Tintina Hergégo.