Menzies wybaczył później Page’owi zachowanie z 1939, ale jego żona do końca życia nie rozmawiała z dawnym liderem Partii Krajowej.
Kiedy we wrześniu 1939 Wielka Brytania wypowiedziała wojnę hitlerowskim Niemcom Australia również przystąpiła do antyniemieckiej koalicji. Jednak Menzies jako premier czasu wojny budził wiele kontrowersji. Wciąż wypominano mu jego zachowanie z 1914 a sytuację premiera pogarszał fakt, że jako prokurator generalny złożył w 1938 wizytę w Niemczech, podczas której wypowiedział kilka pochwalnych słów na temat panującej w Niemczech sytuacji. Wybory 1940 o mały włos nie doprowadziły do porażki UAP, a rząd Menziesa utrzymał się tylko dzięki poparciu dwóch niezależnych deputowanych. Australijska Partia Pracy odrzuciła propozycję Menziesa zawiązania wojennej koalicji.
W 1941 Menzies spędził kilka miesięcy w Wielkiej Brytanii dyskutując z Winstonem Churchillem na temat dalszych posunięć wojennych. Tymczasem jego pozycja na australijskiej scenie politycznej słabła. Kiedy premier powrócił z Londynu, okazało się, że utracił prawie całe poparcie i został zmuszony do rezygnacji. 28 sierpnia przestał być premierem, a kilka dni później liderem UAP. Premierem został lider Partii Krajowej Arthur Fadden.