Przed rozpoczęciem 16 etapu w dniu 25 lipca sześć ekip francuskich (AG2R, Agritubel, Bouygues Telecom, Cofidis, Crédit Agricole, Française des Jeux) i dwie niemieckie (Gerolsteiner, T-Mobile) siedząc na ziemi przez kilka minut po rozpoczęciu etapu protestowało przeciwko dopingowi w kolarstwie. Niestety wśród protestujących byli również winni. Włoski kolarz Cristian Moreni z ekipy Cofidis stosował doping. W próbce pobranej od niego po 11. etapie wykryto podwyższony poziom testosteronu. Francuska ekipa, nie czekając na prośby organizatorów wyścigu, wycofała się z niego. Włoski kolarz, nie prosząc o kontrekspertyzę, automatycznie przyznał się do winy.
Inny charakter miała afera związana z duńskim kolarzem Michaelem Rasmussenem. Na miesiąc przed rozpoczęciem Tour de France 2007 kolarz ten miał na koncie dwa ostrzeżenia od UCI związane z jego nieobecnością w miejscu jakie wskazał. Kolejne ostrzeżenie groziło sankcjami.Podczas trwania wyścigu, gdy po 16. etapie Rasmussen miał ponad 3 minutową przewagę nad drugim w klasyfikacji Alberto Contadorem oraz walczył o wygraną w klasyfikacji górskiej, został on wycofany przez ekipę Rabobank. Powodem tej decyzji było oszukanie kierownictwa ekipy, do której dotarły informacje od włoskiego dziennikarza.