Stwierdził on, iż widział Duńczyka we Włoszech, w momencie, gdy ten poinformował swoją drużynę, że przygotowuje się w Meksyku, rodzinnym kraju żony.
Dzień po zakończeniu wyścigu, 30 lipca ogłoszono, iż u hiszpańskiego kolarza Ibana Mayo stwierdzono pozytywny wynik testu antydopingowego wykrywając u niego EPO. Próbki pobrane zostały 24 lipca podczas drugiego dnia odpoczynku.
W efekcie całego zamieszania związanego z dopingiem wokół wyścigu wzmogła się wojna pomiędzy organizatorami a unią kolarską. Organizatorzy wyścigu oskarżyli UCI między innymi o niesprawne działanie. Miało to związek ze sprawą Rasmussena, który nie zostałby dopuszczony do wyścigu w przypadku przekazania przez UCI odpowiednich informacji.
Trzeci w klasyfikacji generalnej Amerykanin Levi Leipheimer został w 2012 roku zdyskwalifikowany za doping. Jedną z sankcji było unieważnienie wszystkich wyników uzyskanych w latach 1999–2006 oraz lipcu 2007, w tym wyników z Tour de FranceSix former Armstrong USPS teammates receive bans from USADA .