Immunologiczna równowaga między pasożytem a gospodarzem wyrażona jest znacznym zmniejszeniem ilości krążących trypomastygot, więc parazytemia z reguły jest niewykrywalna standardowymi metodami opartymi na badaniu rozmazu krwi w mikroskopie optycznym.
Objawowa przewlekła postać choroby uszkadza tkankę mezenchymalną i zwoje nerwowe w sercu, przełyku, pęcherzyku żółciowym i jelitach. Zajęcie mięśnia sercowego występuje u 20-30% zarażonych; zajęcie przewodu pokarmowego w 8-10%, tylko wyjątkowo u jednego pacjenta spotyka się zajęcie zarówno mięśnia sercowego jak i przewodu pokarmowego. Na obraz kliniczny choroby składają się: objawy neurologiczne wynikające z uszkodzenia ośrodkowego układu nerwowego (demencja) choroba mięśnia sercowego patologiczne poszerzenie światła jelita (przede wszystkim grubego) i przełyku, czyli odpowiednio, megacolon i megaesophagus.
Zajęcie mięśnia sercowego objawiać się może kołataniem serca, zawrotami głowy, zespołem MAS związanymi z zaburzeniami rytmu serca; atypowym bólem zamostkowym niezwiązanym z chorobą niedokrwienną serca i dusznością związaną z