Faza ostra jest zazwyczaj bezobjawowa, ale może wystąpić gorączka, anoreksja, uogólniona limfadenopatia, łagodna hepatosplenomegalia i zapalenie mięśnia sercowego. W EKG stwierdza się nieraz nieprawidłowości, takie jak tachykardia zatokowa, wydłużenie odstępu PQ i zmiany załamka T. Rzadkim powikłaniem jest zapalenie opon mózgowych. Śmiertelność w początkowym ostrym stadium choroby jest stosunkowo niska i wynosi mniej niż 5%. W okresie ostrej fazy choroby we krwi obwodowej stwierdza się znaczną parazytemię, a wykrycie krążących trypomastygot jest podstawą rozpoznania.
Faza przewlekła choroby Chagasa mały|Obraz radiologiczny atonicznego przełyku w chorobie Chagasa podczas przełykania zawiesiny barytowej mały|Preparat patologicznie poszerzonego serca pacjenta z chorobą Chagasa mały|Zdjęcie klatki piersiowej pokazujące nieprawidłową sylwetkę serca w przebiegu choroby Chagasa mięśnia sercowego Po przejściu fazy ostrej, choroba przechodzi w stadium przewlekłe bezobjawowe. U 70-90% zarażonych ludzi do końca życia nie rozwiną się już objawy choroby, u 10-30% po latach albo dekadach od zarażenia rozwinie się objawowa postać przewlekła przebiegająca z uszkodzeniem narządów wewnętrznych.