Ostatnią i odwzajemnioną miłością jego życia była niewidoma Jihaku Shin (znana jako Mori). Znali się już wcześniej, ale gdy spotkali się przypadkiem wiosną 1471, okazało się, że obydwoje darzą się wielkim uczuciem. Ikkyū miał wtedy 77 lat, a Jihaku 40. Była ona służącą świątynną. Nie rozstawali się nawet na chwilę. W letnie popołudnia siadywali przed Shinju-an; ona grała na koto a on na shakuhachi. W wyniku tej miłości i ich późniejszego rozstaniaRozstanie najpewniej było wymuszone, gdyż zachowały się dokumenty z jej dużymi donacjami z okazji rocznic jego śmierci; ostatnia taka wpłata wpłynęła z okazji 33. rocznicy jego śmierci). powstały nowe wiersze o ich miłości i rozstaniu.
Zmierzch życia spędził Ikkyū jako opat (od 1474) klasztoru Daitoku. Odbudował go po wielkich zniszczeniach w czasie 9-letniej wojny Ōnin (1467–1477). Swe słomiane sandały i czapkę z trzciny zamienił na szaty prestiżowego opata wielkiego i słynnego klasztoru (jednak większość czasu spędzał w małej świątyni Shūon-an).