W Delegaturze podlegały mu departamenty: sprawiedliwości, oświaty i kultury, Komitet Koordynacji Ustawodawczej oraz sprawy narodowościowe. W czasie powstania warszawskiego Adam Bień, jako I Zastępca Delegata Rządu RP i członek Krajowej Rady Ministrów, był faktycznym kierownikiem władzy cywilnej i przyczynił się znacznie do wydania dwóch Dzienników Ustaw, w których zawarte zostały przygotowane w konspiracji akty prawne, regulujące podstawowe sprawy w odradzającej się Polsce.
Proces szesnastu 300px|thumb|Adam Bień po aresztowaniu przez NKWD 1945 W marcu 1945 roku Adam Bień, wraz z innymi czołowymi przywódcami Polskiego Państwa Podziemnego, został podstępnie aresztowany przez NKWD i wywieziony do Moskwy, gdzie został skazany w tzw. „procesie Szesnastu” na pięć lat więzienia. Został osadzony na Łubiance. Wrócił z moskiewskiego więzienia w sierpniu 1949 rokuDzieje swojego życia w latach wojny Adam Bień opisał we wspomnieniach, Adam Bień, „Bóg wyżej - dom dalej.