Uproszczono warstwę ekonomiczną, zmodyfikowano sposób prowadzenia badań, zmieniono sposób zarządzania bazami, gdzie w przeciwieństwie do klasycznych X-COM głównym zadaniem jest zajmowanie kolejnych baz i określanie ich specjalizacji, a nie budowa kilku wszechstronnych.
Innowacją była też sama rozgrywka misji bojowych – zrezygnowano z systemu turowego na rzecz rozgrywki w czasie rzeczywistym z automatyczną pauzą, której ustawienia możemy sami zmieniać. Automatyczna pauza powoduje, że gdy coś się wydarzy (np. koniec amunicji, dostrzeżenie wroga etc.), gra zatrzymuje się, a gracz może wydać rozkazy.
W porównaniu do klasycznej serii nowością były elementy RPG postaci i możliwość ich rozwijania w zależności od odbytych konkretnych szkoleń opartych na cechach postaci, a nie tylko na podstawie doświadczenia z udziału w misjach jak w klasycznej serii. Zmienili się też wrogowie, a liczebność oddziału w misji została ograniczona. Autorzy ograniczyli także przechwytywanie statków Obcych przez budowane i dowodzone przez nas myśliwce i misje są praktycznie wybierane losowo. Do wyboru gracz ma 70 typów broni i 100 różnorodnych celów misji (np. schwytanie mutanta, przejęcie archiwum, opanowanie bazy).