Dodatkową nowością była opcja tworzenia własnych modyfikacji do gry, po ściągnięciu z oficjalnej strony dodatku. W grze pojawiła się też misja treningowa, której brakowało w klasycznych częściach.
Fabuła Dnia 25 maja 2004 roku, do ziemskiej atmosfery dociera tajemniczy kosmiczny obiekt, który okazuje się być statkiem Obcych niereagującym na wszelkie próby kontaktu. Statek ten wypuszcza do górnych warstw ziemskiej atmosfery zarodniki, które przenoszone przez wiatr i mnożące się w szybkim tempie już wkrótce przesłaniają Słońce. Wszelkie próby zniszczenia ich zawodzą, a po osiągnięciu dojrzałości zarodniki opadają na powierzchnię Ziemi tworząc grubą warstwę, jak się okazuje nie tylko niszczącą organizmy, ale także powodująca nieznane mutacje. Ludność, której nie udaje się schować głęboko pod ziemią, ulega wpływowi obcej broni biologicznej. Zginęła większość wyższych form życia. Moment ten nazywa się Zmierzchem.
Po kilku tygodniach zarodniki ulegają rozkładowi i Ziemia pozornie nadaje się znów do zasiedlenia, jednak na planecie pozostaje garstka ludzi dowodzona przez gracza i mutanci (transgenanci), zasiedlający powierzchnię planety. Akcja gry zaczyna się 1 stycznia 2005 roku.