Po sezonie 2016/2017 nie porozumiał się z Realem Madryt w kwestii nowego kontaktu, w wyniku czego stał się wolnym zawodnikiem.
4 lipca 2017 podpisał trzyletni kontrakt z tureckim Beşiktaşem JK.
W 2019 roku Pepe powrócił do FC Porto i występował w nim do zakończenia kariery po Euro 2024.
Kariera reprezentacyjna Pepe, chociaż jest Brazylijczykiem, nigdy nie grał w reprezentacji tego kraju. Natomiast, w 2007, po otrzymaniu portugalskiego obywatelstwa, zadebiutował w barwach Portugalii. Zagrał na EURO 2008, zdobył dwie bramki w meczu z Turcją, w tym jedną nieuznaną. Został nominowany do nagrody FIFA World Player w 2008.
Uraz odniesiony w grudniu 2009 miał go wykluczyć z udziału na mistrzostwach świata, ale pod koniec maja okazało się, że Pepe ma szansę na występ.
13 czerwca 2012 zdobył otwierającą bramkę w meczu przeciwko reprezentacji Danii na Euro 2012.
Stoper na tym turnieju zagrał we wszystkich meczach w pełnym wymiarze czasowym, a razem z reprezentacją Portugalii doszedł do półfinału, gdzie po bezbramkowym remisie jego drużyna uległa w karnych 2:4 reprezentacji Hiszpanii.