Obaj – Gabčik i Kubiš – uciekli w przekonaniu, iż zamach na Heydricha nie powiódł się.
Rannego protektora przewieziono do szpitala Bulovka, gdzie w obawie przed dobiciem kategorycznie odmówił, aby operował go czeski lekarz. Postanowił czekać na przybycie specjalisty z BerlinaZamach na kata Hitlera. Ta akcja wstrząsnęła całą III Rzeszą. Ponieważ jednak nie miałby szans przeżyć tak długo, zoperowali go wspólnie Josef Hohlbaum z Uniwersytetu Karola i Walter Dick, ordynator chirurgii na Bulovce. W toku zabiegu wycięli śledzionę wraz z utkwionym w niej odłamkiem granatu o wymiarach 8×8 centymetrów, zszyli pozostałe urazy narządowe, dokonali resekcji strzaskanego jedenastego żebra, dwukrotnie przeprowadzili transfuzję krwi, podali antytoksyny przeciw tężcowi i zgorzeli gazowej.
W kolejnych dniach po operacji stan Heydricha stopniowo poprawiał się, pomimo przejściowych epizodów gorączki. Pacjent przyjmował liczne wizyty rodziny i dostojników państwowych III Rzeszy. Około południa 3 czerwca zapadł jednak niespodziewanie w głęboką śpiączkę i zmarł nazajutrz o 4:30 rano, w ósmej dobie po zabiegu.