Bezpośrednia przyczyna śmierci protektora Czech i Moraw nie została bezspornie ustalona. Herwig Hamperl i Günther Weyrich z Uniwersytetu Karola, przeprowadziwszy sekcję, stwierdzili oznaki śmiertelnego zakażenia wywodzącego się z rany pooperacyjnej, ale Hamperl w latach siedemdziesiątych wycofał się z tego twierdzenia i zaprzeczył, jakoby w organizmie Heydricha dało się zaobserwować zmiany narządowe wskazujące na poważną infekcję. Obecnie za najbardziej prawdopodobną przyczynę zgonu uznaje się zatorowość płucną z ostrym sercem płucnym wywołaną przez długotrwałe unieruchomienie po zabiegu. Obalona została hipoteza, według której granat użyty w zamachu miał być zatruty toksyną botulinową.
Konsekwencje zamachu mały|lewo|160px|Anons w gazecie o egzekucji w Lidicach, 1942
Zamachowcy ukrywali się w domu pielęgniarki Czerwonego Krzyża i członkini ruchu oporu Marii MoravcovejZbieżność nazwisk z szefem czeskiego wywiadu wojskowego podczas II wojny światowej, gen. Františkiem Moravcem jest przypadkowa (ur. 9 lipca 1898), w dzielnicy Žižkov. Zdawali sobie sprawę z zagrożenia, jakie wisiało nad rodziną Moravców, dlatego zdecydowali się ukryć w krypcie prawosławnej cerkwi katedralnej Świętych Cyryla i Metodego w praskiej dzielnicy Nowe Miasto.