Na przejętej przez władze Warszawy dużej części posesji cmentarnej przy ul. Wolskiej wybudowano pętlę tramwajową, a stan techniczny jedynego w stolicy kościoła wymagał ogromnych nakładów. Z braku funduszy ograniczano się do jego drobnych napraw. Po prowizorycznej naprawie dachu, przy kościele zamieszkały siostry zakonne, które odtąd sprawowały nad nim opiekę. Ściany kościoła były nieotynkowane, wyszczerbione pociskami, wieża była pochylona, dach w miejscu zerwanej blachy pokryty prowizorycznie papą, a wewnątrz zacieki, brak podłogi, strzaskane wiązanie dachowe, prowizoryczne, niedopasowane drzwi.
Dopiero w 1956 Rada Kościoła przysłała do Warszawy kapłana Jana Marię Bernarda Kuklę, który wcześniej przeprowadził remont dużego kościoła w Łowiczu. Plany urbanistyczne nie przewidywały przy ul. Wolskiej 186 kościoła dla warszawskiej społeczności mariawitów, ale rozbudowę w tym miejscu arterii komunikacyjnej. Po blisko dwóch latach wielorakich starań udało się kapłanowi Bernardowi Kukli uzyskać pozwolenie na odbudowę kościoła. Rozpoczęła się ona w lecie 1958 i była finansowana z ofiar parafian warszawskich, mariawitów z innych parafii i z dotacji Światowej Rady Kościołów.