Po klęsce powstania warszawskiego ówczesny proboszcz kapłan Maria Stanisław Korwin-Szymanowski i dziewięć sióstr zakonnych zostało wysiedlonych do obozu przejściowego w Pruszkowie. Udało im się stamtąd wydostać dzięki pomocy rzymskokatolickich zakonnic, funkcjonariuszek Czerwonego Krzyża, i resztę okupacji spędzili w parafii mariawickiej w Błoniu. Pod wpływem wojennych przeżyć kapłan Maria Stanisław ciężko zachorował i po niespełna roku zmarł.
Po wojnie obsługą wiernych zajmowali się kapłani z podwarszawskich parafii, przy obu kościołach nie było bowiem mieszkania dla duchownego, a parafianie modlili się w kruchcie kościoła przy ulicy Szarej. Ogrom zniszczeń powodował, że jego odbudowa ze względów finansowych była niemożliwa, nabożeństwa przeniesiono więc na Wolę. Świątynia na Powiślu przy ul. Szarej została rozebrana przez ówczesne władze, a działka znacjonalizowana. Obecnie jest tu park, ale w 1997 Kościół Starokatolicki Mariawitów uzyskał w drodze ustawy prawo wieczystego użytkowania tego gruntu. Nie była to jedyna strata poniesiona przez warszawską społeczność mariawitów tuż po wojnie.