28 grudnia 2013 przegrał przez nokaut z Travisem Brownem w pierwszej minucie pierwszej rundy, natomiast 27 września 2015 wygrał na punkty z Royem Nelsonem. 30 stycznia 2016 uległ pierwszy raz w karierze przez poddanie w walce z Benem Rothwellem. 3 września 2016 pokonał przez poddanie byłego mistrza UFC Andreja Arłouskiego.
Afery dopingowe Josh Barnett jest jedynym zawodnikiem w historii mieszanych sztuk walki, który trzykrotnie został przyłapany na stosowaniu dopingu. Po raz pierwszy zdarzyło się to w 2001 roku, gdy przed walką z Bobbym Hoffmanem wykryto w jego organizmie niedozwolone substancje wspomagające. Jednak z racji tego, że badanie miało jedynie charakter sondażowy, Barnett nie poniósł ówcześnie żadnych konsekwencji.
W 2002, po walce z Randym Couture'em, testy antydopingowe wykazały, że Barnett stosował trzy sterydy anaboliczne (boldenon, fluoxymesteron i nandrolon). W konsekwencji został zdyskwalifikowany na 6 miesięcy i utracił mistrzostwo UFC w wadze ciężkiej. Sam zawodnik nie przyznał się do zażywania niedozwolonych substancji i skrytykował rzetelność testów.