Trzeci przypadek miał miejsce 21 lipca 2009, gdy Komisja Sportowa Stanu Kalifornia (CSAC) odmówiła wydania mu licencji na walkę z Fiodorem Jemieljanienką, powołując się na pozytywny wynik przeprowadzonego miesiąc wcześniej testu antydopingowego, który wykrył w moczu zawodnika ślady sterydu anabolicznego drostanolonu. W rezultacie planowana na 1 sierpnia gala Affliction: Trilogy została odwołana, a wkrótce potem jej główny organizator wycofał się z działalności promotorskiej. Barnett ponownie zaprzeczył, że stosował nielegalny doping, równocześnie twierdząc, że nie wie jak substancja znalazła się w jego organizmie. Później twierdził, że przyczyną były zanieczyszczone suplementy.
W marcu 2012 roku, podczas specjalnego przesłuchania przed CSAC, warunkowo odzyskał licencję. W zamian zobowiązał się do poddawania się testom antydopingowym przed każdą swoją walką.
Pod koniec roku 2016 ukazała się informacja o tym, że Josh Barnett naruszył politykę antydopingową USADA i zostanie zawieszony do czasu wyjaśnia sprawy.