W październiku 2002 r. został ministrem ds. Walii, łącząc je z kolejnymi swoimi tekami ministerialnymi. Tym samym jest najdłużej sprawującym swój urząd członkiem obecnego Gabinetu. W czerwcu 2003 r. został przewodniczącym Izby Gmin i Lordem Tajnej Pieczęci. W 2005 r. obok nadzorowania Walii otrzymał pod swoją opiekę także Irlandię Północną. 28 czerwca 2007 r. nowy premier Gordon Brown mianował go ministrem pracy i emerytur, utrzymując go jednocześnie na stanowisku szefa resortu ds. Walii.
Hain startował również w wyborach na przewodniczącego Partii Pracy, zajął jednak dopiero piąte miejsce, odpadając już w drugiej turze głosowań. Wątpliwości wzbudziło finansowanie tej kampanii. 24 stycznia 2008 r. Hain podał się do dymisji z zajmowanych stanowisk w celu "oczyszczenia swojego imienia", po tym jako Komisja Wyborcza stwierdziła nieprawidłowości związane z dotacjami na rzecz Haina podczas kampaniiRezygnacja Haina na stronach BBC. 5 grudnia 2008 r. Crown Prosecution Service stwierdziła, że Hain nie ponosi odpowiedzialności za działalność organizacji finansującej jego kampanię.
Podczas kolejnej przebudowy gabinetu, 5 czerwca 2009 r., Hain powrócił na stanowisko ministra ds. Walii. Utracił je po porażce laburzystów w wyborach parlamentarnych w 2010 r.
Odznaczenia Srebrny Order Towarzyszy O. R.