Czas budowy zdają się potwierdzać zapiski chińskiego pielgrzyma Faxiana, który w 410 odwiedził miejsce narodzin Sāriputty, nie odnotowując jeszcze śladów uniwersytetu.
Dzięki królewskiemu patronatowi oraz hojności świeckich donatorów, klasztor aż do XI wieku systematycznie rozbudowywano. W okresie późniejszym opiekę nad nim przejęli władcy z buddyjskiej dynastii Pala i pomimo obniżenia jakości kształcenia, Nalanda pozostawała istotnym centrum nauk, konkurującym z pobliską Wikramasilą (założoną w VIII wieku). W ostatnim okresie działalności jej nauczyciele byli często wyznaczani do sprawowania kontroli nad sprawami Nalandy, a wielka popularność buddyzmu tantrycznego, którego Wikramasila była centrum, powodowała stopniowy upadek pierwszego indyjskiego uniwersytetu.
Całości obrazu dopełnił muzułmański podbój północnych Indii z przełomu wieków XII i XIII, kiedy to w wyniku najazdu, którym dowodził Bakhtyara Khilji (odpowiedzialny również za późniejsze zburzenie Wikramasili), klasztor został splądrowany (1197), mnisi wymordowani, a zbiory biblioteczne spalone.