„Ateneum” nie stroniło także od aktualnej problematyki politycznej: cykl artykułów popierających rewolucję 1905 roku w Rosji stał się przyczyną konfiskaty pisma. U Jellenty przeprowadzono rewizję; w obawie przed aresztowaniem uciekł na początku 1906 z rodziną do Niemiec, gdzie mieszkał m.in. w Berlinie, Lipsku i Dreźnie. W 1908 wznowił w Niemczech wydawanie „Ateneum”, ale ukazały się tylko dwa numery pisma. W tym czasie nawiązał kontakty z przedstawicielami niemieckiej socjaldemokracji, spotykał się m.in. z Augustem Beblem i Karlem Liebknechtem W 1911 Jellenta przeniósł się z Niemiec do leżącego w granicach Austro-Węgier Krakowa i rozpoczął w 1912 redagowanie miesięcznika kulturalnego „Rydwan” prowadząc równocześnie odczyty na Uniwersytecie Jagiellońskim i w innych miastach Galicji. Po ogłoszeniu przez władze carskie w 1914 amnestii dla przestępców politycznych wrócił do Warszawy, gdzie podjął współpracę z „Kurierem Porannym”.