Obok obu sieci metra, również kolej sieci krajowej JR Higashi Nihon zaczęła budować linie podziemne. Jedna z nich, Sōbu-Yokosuka-sen, jest podziemną średnicą przechodzącą przez dworzec Tōkyō, otwieraną w latach 1972–1976. Druga, Keiyō-sen, jest podejściem do dworca Tōkyō zbudowanej w 1988 roku linii wzdłuż Zatoki Tokijskiej (1990). W latach 1995–2006 dla obsługi zabudowy powstającej na sztucznych wyspach Zatoki, powstała linia małej kolei automatycznej Yurikamome. Druga linia w tym rejonie, podziemna Tōkyō Rinkai Kōsoku Tetsudō, powstała w latach 1996–2002. Długim tunelem dysponuje też kolej Tsukuba Express, otwarta w 2005 roku. Wszystkie te koleje pozostają poza systemami metra.
12 marca 1995 roku sekta Aum Shinrikyō dopuściła się ataku terrorystycznego na pociągi linii metra przechodzących pod dzielnicą rządową. Zginęło 12 osób, tysiące zostało poszkodowanych.
W 2000 roku został wprowadzony bilet Passnet, który jest kartą magnetyczną typu „stored value”, a w 2007 roku kartę PASMO, która jest efektem udoskonalenia systemu Passnet.
W 2004 roku dawny zarząd Eidan zmienił nazwę na Tōkyō Metro (wersja handlowa;