Bagdad W roku 1918 Arnold Talbot Wilson (1884–1940) został mianowany komisarzem cywilnym Iraku. Między nim i Gertrude powstał konflikt w sprawie Iraku. Według Bell, rola Brytyjczyków powinna polegać na wsparciu Iraku w kreowaniu niepodległości. Jako że Wilson nie zgadzał się z tą opinią, ograniczył jej kompetencje. We wrześniu 1920 roku A. T. Wilson przestał pełnić funkcję komisarza cywilnego i Bell mogła wrócić na swoje stanowisko.
Jako honorowy dyrektor do spraw starożytności w Iraku założyła Muzeum Irackie w Bagdadzie. Pomogła również założyć Bibliotekę Narodową w Iraku. Wcześniej, w 1918 roku, została uhonorowana Złotym Medalem Królewskiego Towarzystwa Geograficznego (Founder's Medal) w uznaniu zasług na polu eksploracji krain Bliskiego Wschodu.
W kulturze O jej życiu opowiada film biograficzny Królowa pustyni z 2015 roku w reżyserii Wernera Herzoga z Nicole Kidman w roli głównej. Letters from Baghdad (2016) reżyseria: Sabine Krayenbühl, Zeva Oelbaum