Jest gatunkiem ziemno-wodnym, spośród wszystkich krajowych traszek jest najsilniej związana ze środowiskiem wodnym. W okresie godowym spotkać ją można w różnego rodzaju zbiornikach wodnych, jak stawy (także w ogrodach), rowy, starorzecza. Zasiedla też sadzawki, a nawet doły po torfie, żwirze czy glinianki. Często pojawia się w okolicach źródeł. Preferuje wody stojące, rzadziej wybiera te o wolnym nurcie. W tamtych stronach zasiedla też częściej tereny zalewowe i wody o wyższym stopniu eutrofizacji.
thumb|left|Przykład siedliska, w którym rozmnaża się traszka grzebieniasta Zajmuje zarówno wielkie, jak i małe zbiorniki wodne, z tym że te ostatnie zamieszkuje częściej w południowym obszarze swego zasięgu występowania. Preferuje jednak większe i głębsze stawy, szczególnie te o mulistym dnie i silnie zarośnięte roślinnością wodną. Ich głębokość musi wynosić co najmniej pół metra. Najkorzystniejsza powierzchnia mieści się zaś w granicach 500–750 m². W takich miejscach można często spotkać liczne jej skupiska. Występuje nawet w tak silnie zarośniętych stawach, że pływanie pomiędzy gęstą roślinnością jest bardzo utrudnione. Wymaga jednak też miejsc nieporośniętych, na których odbywać może taniec godowy. Z tego powodu wybiera zwykle zbiorniki większe niż traszka zwyczajna.