W czasie Powstania Warszawskiego na polecenie Edmunda Męclewskiego napisał Apel Powstańczej Warszawy do Polaków Ziem Zachodnich. Wygłosił go 24 sierpnia 1944 roku o godz. 14:30 w radiu powstańczym „Błyskawica”. Po upadku Powstania Zbyszko Bednorz trafił do obozu w Ursusie, skąd został wywieziony do obozu pracy w Spellen nad Renem. Po ucieczce z obozu powrócił do Generalnej Guberni i ponownie podjął pracę w Delegaturze. 26 grudnia 1944 roku w małym kościółku w Gorzkowicach, wziął ślub z Różą Wróbel z Chorzowa (łączniczką „Izą”). Na Śląsk państwo Bednorzowie powrócili na początku 1945 roku i zamieszkali w Chorzowie-Mieście, gdzie 16 października przyszedł na świat ich syn Włodzimierz.
Działalność powojenna Po wojnie Zbyszko Bednorz rozpoczął pełną rozmachu pracę naukową, literacką i publicystyczną. Był redaktorem Polskiego Radia, działał w Związku Literatów Polskich w Katowicach, współpracował z katowickim Wydawnictwem św. Jacka (redaktor naczelny w latach 1948-1949) oraz czasopismami „Dziennik Zachodni”, „Gość Niedzielny”, „Odra”, „Tygodnik Powszechny” i „Tygodnik Warszawski”. 1 marca 1949 roku na rogu ul. Dąbrowskiego w Katowicach Zbyszko Bednorz został aresztowany. Dobę przesiedział w Wojewódzkim Urzędzie Bezpieczeństwa.