Rano przewieziony został do Warszawy i osadzony w więzieniu Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego przy ul. Koszykowej, następnie został przeniesiony na ul. Rakowiecką, w końcu trafił do więzienia we Wronkach. 3 sierpnia 1950 roku został skazany na 15 lat więzienia za przynależność do Delegatury Rządu na Kraj i „Ojczyzny” (później wyrok zmniejszono do 8 lat). Na skutek starań żony oraz środowiska literackiego (m.in. Zdzisława Hierowskiego, Gustawa Morcinka, Wilhelma Szewczyka, Jana Baranowicza), biskupa katowickiego Herberta Bednorza, a przede wszystkim przewodniczącego Stowarzyszenia PAX Bolesława Piaseckiego, został zwolniony pod koniec 1951 roku i 20 października powrócił do Katowic. 14 grudnia 1952 roku na świat przyszła córka Bednorzów – Marzena.
W 1954 roku Zbyszko Bednorz przeniósł się z rodziną do Opola i ponownie podjął pracę redakcyjno-pisarską. Pisał artykuły do „Katolika” i „Słowa Powszechnego” a także redagował dodatek dla katolików opolskich „Słowo na Śląsku”. W latach 1956–1959 współpracował z poznańskim Wydawnictwem „Pallottinum” gdzie pełnił funkcję kierownika literackiego. Od roku 1958 organizował i uczestniczył w zjazdach pisarzy ziem zachodnich oraz prezesował Związkowi Literatów Polskich w Opolu.