Grecy byli niezadowoleni z przebiegu zawodów lekkoatletycznych, w większości bowiem wygrali je Amerykanie. Bieg maratoński był więc dla nich punktem kulminacyjnym igrzysk. Rangę tego biegu oddaje liczba kibiców i publiczności (głównie greckiej), która zgromadziła się na stadionie i na drogach. Szacunkowo mogło to być nawet 100 tysięcy osób.
Kilka godzin przed biegiem doszło do dyskwalifikacji najpoważniejszego kandydata do mistrzostwa – Włocha Carla Airoldiego. Ze względu na brak zainteresowania igrzyskami w jego ojczyźnie i brak środków finansowych na podróż statkiem czy pociągiem, postanowił on udać się do Aten pieszo. Podróż rozpoczął 28 lutego 1896 w Mediolanie, do Aten dotarł 2 kwietnia, a więc osiem dni przed rozpoczęciem zawodów. Początkowo był przychylnie traktowany przez Greków, z czasem jednak zaczęto mu wypominać udziały w biegach z nagrodami. Mimo że zasady nie były jednoznaczne, komitet olimpijski uległ greckim naciskom i zdyskwalifikował Airoldiego kilka godzin przed startem do biegu. Nie został potem wpuszczony na stadion, podczas próby dostania na niego został aresztowany.