Na dodatek w 1672 chaldejski arcybiskup Amidy Józef odrzucił władzę patriarchów z linii Szymona i zawarł kolejną unię z Rzymem. W 1681 został mianowany przez papieża patriarchą, ale bez bliższego określenia, czego i kogo. Dopiero jego następca Józef II uzyskał godność patriarchy Babilonu. Linia tych unickich patriarchów wygasła jednak ze śmiercią Józefa V w 1828.
W 1804 po zmarłym Mar Eliaszu XIII Iszujabie z linii następców Szymona pozostał tylko jego brat Jochanan Hormizd, powiązany z Rzymem. W 1830 objął stolec patriarszy i po początkowych wahaniach, podczas których został nawet chwilowo suspendowany, w 1838 zniósł dziedziczność patriarchatu, wobec czego został uznany przez papieża. Następny patriarcha Mikołaj Zaja (1844) pochodził już ze zwykłego wyboru, zatwierdzonego przez papieża. W tym samym roku, za politycznym poparciem Francji, uzyskał on również firman Porty Osmańskiej, uznający chaldejczyków za millet (lud, grupę wyznaniową) odrębny od nestorian. Tak więc nieprzerwane i pewne istnienie kościoła chaldejskiego datuje się od 1844.