W XV wieku do Mezopotamii zaczęli docierać misjonarze łacińscy. Rozłam wśród nestorian zaczął się w połowie XV wieku, gdy ówczesny Patriarcha Wschodu Szymon IV Bassidi wprowadził dziedziczność godności patriarszej wśród swej rodziny – patriarchą miał zostawać najbliższy męski krewny ostatniego patriarchy. Wśród duchownych wzbudziło to ostry sprzeciw, choć nowy zwyczaj ostatecznie się przyjął.
W 1551 patriarchą został w ten sposób 12-letni Szymon Dincha (Szymon VIII). Sytuacji tej nie zaakceptowała grupa biskupów, która wybrała własnego patriarchę – zakonnika Jochanana Sulakę. Sulaka wyjechał do Rzymu, gdzie złożył katolickie wyznanie wiary i został mianowany przez papieża unickim patriarchą Asyrii. Jego następcy nosili już tytuł chaldejskich patriarchów Babilonu. W 1662 następca Jana Sulaki, Szymon XIII Dincha, zerwał unię z Rzymem.
Już w 1607 także nestoriański patriarcha z linii Szymona Eliasz VIII zawarł unię z Rzymem. Istniały więc dwa unickie patriarchaty chaldejskie. Jednakże w 1692 jego następca Eliasz X Jochanan Marogin również zerwał unię z Rzymem. Pojawiły się więc dwa nestoriańskie patriarchaty chaldejskie.