król Czech Maksymilian II Habsburg przekazał Beeskow i Storkow w lenno Brandenburgii, a w 1598 diecezja lubuska została zamknięta.
mały|Dawny kościół św. Mikołaja we Frankfurcie nad Odrą, którego budowa rozpoczęła się pod panowaniem polskim (widok z około 1862)
Panowanie pruskie W 1618 r. wraz z Brandenburgią ziemia lubuska została częścią unijnego państwa brandenbursko-pruskiego, a od 1701 Królestwa Prus. W XVII w. region ucierpiał z powodu wojny trzydziestoletniej. Pod koniec XVII w. w regionie zaczęli się osiedlać francuscy hugenoci. Ich wspólnoty powstały we Frankfurcie nad Odrą i MünchebergHuguenot Refugees in Brandenburg and Berlin, Germany Genealogy – FamilySearch Wiki.. Miasta Beeskow i Storkow do 1742 pozostawały pod formalnym zwierzchnictwem czeskim jako lenno.
W 1871 r. region znalazł się w granicach Cesarstwa Niemieckiego. W 1880 r. największymi miastami regionu były Frankfurt nad Odrą (51 147 mieszk.), Kostrzyn nad Odrą (14 069 mieszk.), Fürstenwalde/Spree (10 781 mieszk.), Słońsk (6 298 mieszk.), Sulęcin (5880 mieszk.) i Ośno Lubuskie (5 357 mieszk.).