Kompleks główny reprezentuje typ dworca czołowo-przelotowego: Poziom +3 (oznaczony numerem 4; po stronie zachodniej): 1 peron wyspowy (2 krawędzie peronowe przy torach ślepych) dla pociągów 中央快速線 Chūō-kaisoku-sen; Poziom +2 (oznaczony numerem 3; ze wschodu na zachód): 3 perony wyspowe (6 krawędzi peronowych przy torach ślepych) dla pociągów 東海道新幹線 Tōkaidō Shinkansen; kolej JR東海 JR Tōkai 2 perony wyspowe (4 krawędzie peronowe przy torach ślepych) dla pociągów 東北新幹線 Tōhoku Shinkansen (jak również 秋田･山形新幹線 Akita i Yamagata Shinkansen), 上越新幹線 Jōetsu Shinkansen oraz 長野新幹線 Nagano Shinkansen; 2 perony wyspowe (4 krawędzie peronowe przy torach przelotowych) dla pociągów 東海道本線 Tōkaidō-Honsen; 2 perony wyspowe (4 krawędzie peronowe przy torach przelotowych) dla pociągów 山手線 Yamanote-sen oraz 京浜東北線 Keihin-Tōhoku-sen; Poziom +1 (oznaczony numerem 2): zespół usługowy; Poziom 0 (oznaczony numerem 1): kasy, zespół usługowy.
Stronę zachodnią dworca, wychodzącą na zespół biurowców i cesarski kompleks pałacowy, nazywa się stroną Marunouchi (丸ノ内側 Marunouchi-gawa), wschodnia, wychodząca w kierunku centrum handlowego Ginzy, to „strona Yaesu” (八重洲側 Yaesu-gawa). Kompleks peronów można przekroczyć jednym przejściem ogólnodostępnym oraz trzema znajdującymi się w strefie ograniczonej rogatkami.