2. Podziemny kompleks stacji linii Keiyō-sen, zlokalizowany na południu, prostopadle do kompleksu głównego; typ dworca czołowego: Poziom -1: kasy, rogatki; Poziom -3: usługi, przestrzeń cyrkulacyjna; Poziom -4: 2 perony wyspowe (3 tory ślepe, środkowy z „peronem dwukrawędziowym”) dla pociągów 京葉線 Keiyō-sen i 武蔵野線 Musashino-sen;
3. Podziemny kompleks stacji linii Sōbu-Yokosuka-sen i stacji metra; zlokalizowany na zachód od kompleksu głównego: Poziom -1: pasaże piesze, usługi, kasy i rogatki; Poziom -2: 1 peron wyspowy (2 krawędzie peronowe przy torach przelotowych) dla metra linii 丸ノ内 Marunouchi (Tōkyō Metro; stacja 東京 Tōkyō); Poziom -4: przestrzeń cyrkulacyjna stacji JR; Poziom -5: 2 perony wyspowe (4 krawędzie peronowe przy torach przelotowych) dla pociągów z/do 総武快速線 Sōbu-kaisoku-sen, 横須賀線 Yokosuka-sen, w tym pociągów 成田エクスプレス Narita Express.
Integracja z transportem lokalnym Większość linii JR, które obsługuje stacja, ma charakter transportu lokalnego. Stacja metra Tōkyō nie jest jedyną obsługującą stację. Podziemne korytarze łączą go z kompleksem stacji 大手町 Ōtemachi, węzłem pięciu linii metra.