Okres rozkwitu skończył się w 451, gdy po przegranej wojnie przeważająca część Armenii znalazła się pod władzą imperium perskiego, a po jego rozbiciu przez Arabów – pod władzą kalifatu bagdadzkiego.
Z powodu wojny z Persami ormiańscy hierarchowie nie mogli uczestniczyć w 451 roku w soborze chalcedońskim, zwołanym, by zająć się herezją monofizytyzmu. W Apostolskim Kościele Ormiańskim poparcie dla monofizytyzmu było tak powszechne, że uchwały soboru chalcedońskiego potępiające go jako herezję zostały jednogłośnie odrzucone na czterech kolejnych synodach – m.in. w Waharszapat (491) i w Dwinie (w 552, a ostatecznie 645).
Tuż przed najazdem arabskim w I połowie VII wieku Apostolski Kościół Ormiański podzieliła herezja paulicjan. 200 lat później, w latach czterdziestych IX wieku, pojawiła się herezja tondrakian. Oba te ruchy religijne podważały przede wszystkim nadużycia hierarchii Apostolskiego Kościoła Ormiańskiego, piętnując przywiązanie kapłanów do bogactw. Oba zostały rozbite na skutek energicznej interwencji władz świeckich, przywołanych przez przestraszoną hierarchię kościelną.