W Apostolskim Kościele Ormiańskim zaznaczyła się również fala obrazoburstwa, lecz nie pozostawiła po sobie trwałych następstw.
W latach 885–1079 Apostolski Kościół Ormiański znów stał się Kościołem państwowym niepodległego królestwa Ani pod rządami dynastii Bagratydów (orm. Bagratuni). Po upadku tego królestwa Ormianie masowo wyemigrowali do Cylicji, gdzie w dobie wypraw krzyżowych w 1080 stworzyli kolejne państwo, zwane Królestwem Małej Armenii, rządzone przez latynizującą dynastię Rubenidów. W tym okresie Apostolski Kościół Ormiański wydał kilku znakomitych teologów – Grzegorza z Nareku, Chosroesa Wielkiego, katolikosa Nersesa z Klaj, arcybiskupa Tarsu Nersesa z Lampon, świętego Jana Wanahana i Wartana Wielkiego.
Pod wpływem władz świeckich i bliskich związków Małej Armenii z Zachodem, patriarchat (przeniesiony w ślad za wiernymi do Cylicji) zawarł w 1198 unię z Rzymem i zerwał z monofizytyzmem. Patriarchowie Grzegorz VI (1194–1208), Jan VI (1208–1221), Konstantyn I (1221–1267) i ich następcy, a także podlegli im biskupi na synodach w Sis (1307, 1346) i w Adanie (1317) przyjęli katolicką naukę o Chrystusie i prymat papieża. Jednakże unia nie rozszerzyła się poza Małą Armenię i zakończyła się wraz z jej upadkiem w 1375.