Pozostałe ośrodki Apostolskiego Kościoła Ormiańskiego unię odrzuciły, a na fali sprzeciwu wobec niej biskupi pozostający we właściwej Armenii odnowili patriarchat w Eczmiadzynie.
Od upadku Małej Armenii Apostolski Kościół Ormiański wraz z innymi Kościołami Wschodu podlegał świeckiej władzy muzułmanów – osmańskich Turków. W ich imperium Ormianie stanowili odrębny millet. W tych wiekach Apostolski Kościół Ormiański, jako narodowy Kościół Ormian, stał się jednym z filarów ich przetrwania w skrajnie niesprzyjających warunkach – rozproszenia, prześladowania, ateizacji, a nawet planowego ludobójstwa.
W 1439 na Soborze Florenckim unia została odnowiona, jednak obejmowała jedynie stosunkowo niewielką liczbę Ormian. W 1742 papież Benedykt XIV mianował arcybiskupa Abrahama Ardziwiana patriarchą, tworząc Kościół katolicki obrządku ormiańskiego z siedzibą w Bejrucie (Liban) i z jurysdykcją nad południową częścią Imperium Osmańskiego. Jego siedziba była później przeniesiona do Konstantynopola, ale w 1928 powróciła do Bejrutu.