Brał udział w walkach o Kijów, którego komendantem został po jego zdobyciu, w lutym 1919, we wczesnej fazie interwencji Armii Czerwonej na Ukrainie.
6 marca 1919 mianowano go dowódcą 1 Ukraińskiej Dywizji Radzieckiej, z którą walczył przeciwko Armii Czynnej URL i Wojsku Polskiemu. Szczors sprzeciwił się powstaniu Hryhorjewa. 15 sierpnia objął dowództwo nad 44 Dywizją Strzelców (powstała ze zjednoczenia 1 UDR i 3 Dywizji Pogranicznej), z którą walczył przeciwko białej Armii Ochotniczej.
Naczdyw Nikołaj Szczors zginął koło wsi Biłoszczyce k. Korostenia, nazwanej później Szczorsiwką, w niewyjaśnionych do dziś okolicznościach, w walce z 7 brygadą Ukraińskiej Armii Halickiej. Pochowany został we wrześniu 1919 na prawosławnym cmentarzu w Samarze, 10 lipca 1949 jego szczątki zostały ekshumowane ze zniszczonego cmentarza i przeniesione na cmentarz miejski.
Kontrowersje wokół śmierci mały|Pogrzeb Wasyla Bożenki. Mykoła Szczors trzeci od prawej Według oficjalnej wersji podanej przez Iwana Dubowoja (zastępcę Szczorsa w 44 dywizji strzeleckiej), Mykoła Szczors zginął trafiony w głowę przez ukraińskiego cekaemistę, kiedy obserwował przez lornetkę pozycje nieprzyjaciela.