Z 81 punktami był na trzecim miejscu pod względem skuteczności wśród graczy Wings.
Po zakończeniu tamtego sezonu klubowi z Detroit nie udało się przedłużyć kontraktu z Shanahanem, który podpisał jednoroczną umowę z New York Rangers na kwotę 4 milionów dolarów.
New York Rangers (2006-2009) Grając w drugiej linii zakończył sezon 2006/07 na czwartym miejscu w zespole z 62 punktami w 67 spotkaniach.
5 października 2006 roku, w meczu inauguracyjnym sezon w Madison Square Garden, Shanahan zdobył dwie bramki – odpowiednio numer 599 i 600 w swojej karierze. Rangers grali przeciwko Washington Capitals a w bramce stał Olaf Kolzig. Asysty przy obu trafieniach zaliczył Petr Průcha. Rangers wygrali to spotkanie 5:2. Shanahan jest 15. zawodnikiem, który osiągnął pułap 600 bramek w NHL.
14 listopada Shanahan otrzymał Mark Messier Leadership Award przyznawaną co miesiąc zawodnikowi wybranemu przez Marka Messiera, który jego zdaniem najlepiej przejawia na lodzie i poza nim zdolności przywódcze.
18 stycznia 2007 roku Kanadyjczyk został wybrany kapitanem drużyny reprezentującej Konferencję Wschodnią na Meczu Gwiazd NHL.