W 1785 r. cesarz Józef II nadał Podgórzu prawa wolnego miasta królewskiego: „W roku 1785 powstało z części tej wsi [Ludwinów] i kilku domów nad Wisłą zwanych Podgórzem miasto Podgórze. Cesarz Józef II nadał miastu wolność handlu i nazwał je Josefstadtem, ale to nazwisko ustąpiło dawniejszemu”. Podgórze graniczyło wówczas z wsiami: Płaszów, Wola Duchacka, Łagiewniki, Borek, Ludwinów i in. (włączonymi później w jego obręb). Znaczna część jego mieszkańców utrzymywała się z uprawy roli.
III rozbiór Polski (1795) i związane z nim przyłączenie części Małopolski do zaboru austriackiego osłabił czynniki decydujące o uprzywilejowanej pozycji Podgórza. Jego rozwój, powiązany teraz z rozwojem Krakowa, następował, ale już nie w takim tempie jak w pierwszej fazie. W początkach XIX w. miasto przekształciło się w ośrodek o wyraźnym charakterze handlowo-przemysłowym, nastąpił spadek liczby ludności zatrudnionej w rolnictwie na rzecz przemysłu i usług.