Po powiększeniu obszaru Księstwa Warszawskiego w 1809 r., miasta: Kraków, Podgórze i Wieliczka wraz z otaczającymi je terenami włączone zostały w jego granice. Rok później zawarta została „dobrowolnie umówiona, wieczysta i trwała ugoda”, w konsekwencji której Podgórze zostało przyłączone do Krakowa jako IV gmina (dzielnica), zachowując jednak odrębność administracyjną. W 1813 r. wojska rosyjskie ścigające niedobitki Wielkiej Armii zajęły Kraków, okupując go przez 2 lata. Kongres wiedeński (1815) zdecydował o podziale ziem Księstwa Warszawskiego – odłączył Podgórze, które wróciło do Austrii, od terenów Rzeczypospolitej Krakowskiej. Po wybuchu powstania krakowskiego w lutym 1846 r., Austria dokonała aneksji miasta.
W czasie powstania styczniowego (1863) Podgórze, podobnie jak Kraków, stanowiło bazę zaopatrzeniową dla powstańców, wskutek tego doświadczyło licznych represji, obław i aresztowań.