Konstytucja z roku 1823 spotkała się z powszechną krytyką i w efekcie została odrzucona. Poza tym legitymacja władzy Freire'a była kwestionowana przez kościół katolicki. Dlatego też w roku 1825 pracę podjął nowy kongres, który jednak nie został uznany przez administracje regionalne Concepción i Coquimbo. Freire opuścił Santiago, aby znowu poświęcić się walce przeciw Hiszpanom na wyspie Chiloé. Kiedy powrócił, dowiedział się, że kongres opowiedział się przeciw jego rządom i zadeklarował odsunięcie go od władzy.

Freire'owi udało się zażegnać niepokoje i na czele nowego dowództwa 1826 trzeci raz wyruszył w kierunku Chiloé. Tym razem pokonał on ostatecznie resztki oddziałów hiszpańskich i powrócił jako zwycięzca do stolicy. Nie zważając na jego militarne sukcesy, kongres znowu opowiedział się przeciw niemu i tym razem powstańcy zmusili go 9 lipca 1826 do ustąpienia i powołali jednocześnie na jego następcę na nowo utworzonym urzędzie prezydenta Chile Manuela Blanco Encaladę. Ten został 9 września 1826 zastąpiony przez Agustína Eyzaguirre'a.