W styczniu 1827 liberalni federaliści podnieśli broń przeciwko rządowi i pod rozkazami pułkownika Enrique Campino dokonali przewrotu. Wskutek szybkich działań wojennych udało im się 1 lutego 1827 powołać Freire'a na tymczasowego prezydenta. Ten 8 maja 1827 znowu ustąpił i przekazał urząd swojemu zastępcy, wiceprezydentowi Francisco Antonio Pinto Díazowi.
130px|thumb|left|Grobowiec Ramóna Freire i jego rodziny na Cmentarzu Generalnym w Santiago
Freire odciął się całkowicie od sporów politycznych i osiadł w swoim majątku Cuchacucha.
Po ustąpieniu ze stanowiska Kiedy pod rządami prezydenta Pinto zaostrzał się konflikt między liberalnymi federalistami a konserwatywnymi centralistami i kiedy w 1829 doszło do wybuchu wojny domowej, Freire powrócił do życia publicznego. Liberalny rząd ustanowił go dowódcą oddziałów, które walczyły przeciw konserwatywnym siłom José Joaquín Prieto Viala. Wojna osiągnęła apogeum w bitwie pod Lircay, w której to całkowicie zostały rozgromione liberalne wojska piechoty pod dowództwem Freire'a.